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Rencontre avec les lauréats de l'AO Young Scientists for the Future 2016-2017

Rencontre avec les lauréats YSF 2016
Six mois après le lancement de l'appel à candidatures TULIP «Young Scientists for the Future», nous vous proposons ci-dessous une interview de deux des quatre doctorants recrutés, Harihar Jaishree Subrahmanian et Manuel Gonzalez-Fuente. L'occasion d'en apprendre davantage sur leur motivation à rejoindre la communauté TULIP, leurs expériences passées et les projets sur lesquels ils travaillent.

De quelle institution provenez-vous ? Quels sont vos intérêts scientifiques ?

Harihar Jaishree Subrahmanian: "Je viens d'Inde, j'ai obtenu mon Master en botanique de l'Université de Delhi. Après avoir voyagé à travers l'Inde et l'Amérique, j'ai travaillé pendant un temps à l'Université de Columbia sur un projet portant sur les forêts du nord de l'Inde. Le travail que je réalise en ce moment à Toulouse, c'est quelque chose qui m'intéresse depuis mon année de Master : que se passe t-il au niveau génétique qui provoque des différences dans le développement des feuilles en raisons de variations écologiques. Même si je ne pouvais pas accomplir cela pendant mon projet de Master, je savais que je voulais travailler à l'interface de l'écologie et de la biologie moléculaire."

Manuel Gonzalez-Fuente: "J'ai fait mon bac+4 en biotechnologie à l'Université de Salamanque, en Espagne. Là, j'ai travaillé pendant 2 ans dans le Genetics group of the Spanish-Portuguese Institute of Agricultural Research, sur les effectifs nucléaires de Colletotrichum graminicola - un champignon pathogène dans le maïs. C'est ainsi que j'ai commencé à travailler sur les interactions plantes-microbes, un domaine qui m'a fasciné depuis. Pour cette raison, j'ai décidé de poursuivre ma formation avec un Master en génomique agricole à l'Université Christian Albrechts de Kiel, en Allemagne. Là, j'ai continué à travailler dans ce domaine en tant qu'assistant de recherche au Département de Phytopathologie moléculaire en me concentrant cette fois sur la réponse des plantes dans le colza et Arabidopsis à l'infection par Verticillium longisporum - également un agent pathogène fongique - au niveau microARN."

Pourquoi avez-vous demandé à rejoindre TULIP ?

Harihar Jaishree Subrahmanian: "Lorsque j'ai décidé de faire un doctorat, j'ai commencé à chercher des écoles d'été et des conférences relatives à mes recherches afin de rencontrer des chercheurs du domaine. Le titre de l'école d'été TULIP «des Gènes aux écosystèmes» m'a vraiment attirée parce que c'était exactement ce que je cherchais. J'ai rencontré Fabrice Roux et Dominique Roby lors de l'école d'été TULIP. Fabrice était le superviseur de mon groupe de travail et cela nous a donné beaucoup de temps pour interagir, et il m'a expliqué son domaine de recherche. Je me souviens m'être dit :

« Si je viens en Europe, ça devra être dans l'équipe de Fabrice ! »

Manuel Gonzalez-Fuente: "Pendant que je terminais mon année de Master, j'ai commencé à chercher des offres de doctorat car j'étais sûr de vouloir poursuivre une carrière dans la recherche. Je cherchais principalement des projets sur les interactions plantes-microbes. Donc, lorsque j'ai trouvé la publicité pour l'appel TULIP Young Scientists for the Future sur internet, j'ai immédiatement contacté les superviseurs - Nemo Peeters et Laurent Noël. L'objectif du projet était parfaitement adapté à mes intérêts de recherche et à mon expérience, donc je n'avais aucun doute. En fait, je me souviens que j'ai préparé ma candidature en même temps que j'étais en train d'écrire ma soutenance de Master."

Sur quel projet travaillez-vous actuellement ?

Harihar Jaishree Subrahmanian: "Mon sujet de thèse est d'étudier les bases génétiques de la coopération plante-plante chez Arabidopsis thaliana. L'étude de ce type d'interactions est importante pour comprendre comment fonctionnent les communautés végétales. Beaucoup d'études sur ce sujet se concentrent uniquement sur l'aspect écologique et nous avons très peu d'informations sur ce qui se passe au niveau moléculaire. Notre équipe en collaboration avec celle de Dominique Roby a commencé à valider les QTL qui sous-tendent les interactions interspécifiques d'Arabidopsis avec ses concurrents naturels. J'essaye de valider fonctionnellement certains QTL impliqués dans la coopération entre les différents génotypes naturels d'Arabidopsis thaliana au sein d'une population locale, ce qui pourrait nous donner des indices sur la façon dont les plantes perçoivent et distinguent les plantes environnantes."

Manuel Gonzalez-Fuente: "Mon projet est une collaboration entre deux groupes travaillant sur différentes bactéries pathogènes: le groupe de Laurent Noël travaille sur Xanthomonas campestris alors que l'équipe de Nemo Peeters travaille sur Ralstonia solanacearum. Les deux espèces causent des pertes de rendement importantes sur une grande variété de cultures. Malgré leur différente gamme d'hôtes et leur stratégie d'infection, ces 2 espèces sont à la fois des bactéries colonisatrices du xylème et partagent quelques effecteurs de type III - des protéines que certaines bactéries peuvent injecter dans les cellules végétales par une sorte de "seringue moléculaire". Mon projet vise à identifier les composants de la plante qui interagissent avec ces effecteurs partagés dans les espèces modèles Arabidopsis thaliana combinant différentes approches telles que les examens des interactions protéines-protéines à haut débit, la génération de matériel végétal transgénique ou les analyses transcriptomiques. Cela permettra de mieux comprendre le rôle des effecteurs évolutifs conservés au cours de l'évolution en fournissant à long terme de nouvelles ressources pour l'obtention de cultures avec une tolérance accrue à ces deux bactéries importantes et éventuellement à d'autres agents pathogènes vasculaires ".