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Labex TULIP

Lettre n°3

Publication le 25/10/2013
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Lettre n°3 - octobre 2013

EDITO

                               

Etienne Danchin & Dominique RobyDans le déploiement du LabEx TULIP, cette "Troisième lettre  d'information" rime logiquement avec "troisième étape" de cet ambitieux  projet. En effet, la recherche et par extension son soutien, dénominateur  commun à l’ensemble du LabEx, a occupé dans une première phase la majorité de  nos efforts. Le financement des thèmes majeurs de recherche puis des projets  innovants ainsi que la mise en œuvre de "packages" d'accompagnement à  l'arrivée de M. Loreau, F. Roux et H. Philippe, en témoignent.

                               

Dans le même temps, s'est développé le volet  "enseignement", dont l'objectif est de former les nouvelles générations,  qui constitueront le socle de la recherche de demain et apporteront une garantie  de continuité. Cette phase s’est traduite par la tenue de l’école d’été  annuelle en Biologie et Ecologie Intégratives. Pour sa seconde édition, cette  école a à nouveau, reçu un accueil très favorable tant des étudiants que des  encadrants locaux et étrangers grâce notamment à l'application concrète de la  méthode de "l'apprentissage par problème (problem based learning)" qui a  inclus un travail de formation envers les formateurs eux-mêmes. La création du  nouveau master, à la charnière des champs scientifiques de TULIP, progresse  également en parallèle pour une mise en place dans le cadre de la maquette  d'enseignement du prochain quinquennal de l'Université Paul Sabatier.

                               

2013 sera aussi l’année de la mise en route d'un autre axe  de TULIP : la valorisation de nos recherches vers les acteurs sociétaux publics  ou privés. Une première action a déjà été réalisée en juin dernier. Elle a  permis de rapprocher dans le domaine de l’Ecologie, les chercheurs et leurs  partenaires institutionnels et privés, acteurs de la gestion de  l'environnement. Ce premier contact très fructueux en appellera d'autres dans  les années à venir pour favoriser les transferts de savoir dans les deux sens  sur la base de projets communs. Une nouvelle action, cette fois dans le champ  des biotechnologies vertes aura lieu le 20 novembre prochain. Dans ce cas, au-delà  de créer un moment d'échanges entre chercheurs et industriels, toujours  fructueux, il s'agira de discuter du déploiement possible d'"outils de transfert" pérennes  à l'interface public-privé et au sein du LabEx TULIP. Une information sera  diffusée très prochainement sur cette manifestation.

                               

Nous espérons qu'à la lecture de cette rapide synthèse, vous  serez convaincu que le LabEx TULIP marque bien un engagement concret ainsi  qu'une opportunité de développement des domaines de recherche que nous  représentons en région Midi-Pyrénées.

D.Roby & E.Danchin
                                 
                             

A la une
                               

H. Philippe : l’engagement de la raison

                               

                             
Herve Philippe                               

Si la mode est bien à dépasser les frontières entre champs scientifiques, il est des personnes qui par choix ou par opportunité s’étaient déjà positionnées sur ce type d’interface. Hervé Philippe qui vient de rejoindre la Station d’Ecologie Expérimentale de Moulis (SEEM) dans le cadre des programmes d’attractivité du LabEx TULIP compte sans nul doute parmi ces précurseurs.

                               

Alors que sa formation initiale le conduisait vers la vulcanologie, un   champ d’investigation alors en perte de vitesse, ce scientifique   passionné de l’évolution et bien conseillé par Jean-Jacques Jaeger se   tourne vers la biologie moléculaire appliquée à l’évolution. « Nous étions le 2ème   laboratoire en France à mener cette activité, c’était un domaine   incertain mais en pointe. Maintenant qu'il a révolutionné la phylogénie   et pénètre profondément l’écologie, je suis convaincu de la pertinence   de ce choix. » Après un séjour d’une dizaine d’années au sein de   l’Université de Montréal, il rejoint finalement, grâce au package   mobilité proposé par le LabEx TULIP et pour un retour qu’il espère   définitif, la France...
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Vie du labex
                             

                              Le projet “VariWhiM” soutenu par un financement ERC Starting Grant du conseil européen

                               
                                 

VariWhiMLe constat n’est pas nouveau, les variétés sauvages des plantes cultivées sont bien souvent plus résistantes aux maladies que leurs homologues domestiquées. Visant justement à accroître la résistance de ces dernières à la « pourriture blanche », une maladie causée par le champignon « Sclerotinia » et causant d’importantes pertes notamment sur le Colza, Sylvain Raffaele (LIPM), vient d’obtenir un financement ERC (1,5M€) afin de mener ce travail à bien.
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Jean Deutsch rédéfinit la notion de gène

                               
Seminaire Jean Deutsch                                  La crise actuelle du concept même de gène remet en question une définition qui semblait pourtant acquise. La définition « moléculaire » a été établie dans les années 60, comme étant un « segment continue et codant d’ADN ».                                  Grâce aux avancées récentes dans le domaine de la génétique moléculaire, il est dorénavant confronté à certaines contradictions. Jean Deutsch, professeur émérite de l’université Pierre et Marie Curie (Paris 6), où il a enseigné la génétique et la zoologie, a été à cette occasion l’invité du LabEx TULIP. Au travers d’une présentation puis au cours d’une table ronde, les chercheurs ont pu débattre d’une démarche scientifique qui ne produit non pas des vérités définitives mais des représentations provisoires, devant  sans cesse être remises en causes. En savoir plus >>>
                               
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livres RhyzosphereDes livres sur l'écologie microbienne de la Rhizosphere

                               
"Molecular Microbial Ecology of the Rhizosphère" couvre les connaissances actuelles concernant les bases moléculaires des interactions plantes-microorganismes au sein de la rhizosphère. Ces ouvrages traitent également au travers de chapitres dédiés des méthodes expérimentales de recherche.Ces ouvrages ont été écrits par F. De Brujin, ancien diplômé d'Harvard et chercheur au sein du LIPM.
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TULIP Summer school - un second cru

                               
                                 

studentsAprès le bilan de la première édition, cette seconde  mouture, tirant profit des enseignements précédents a permis à une nouvelle  promotion de 22 étudiants provenant de 11 pays de participer à une semaine  intensive mêlant cours et projets. Concernant les cours, de grands noms de la  science ont proposé des problématiques et approches aussi diversifiées et  originales que les « plantes-zombies » par S. Kamoun ou « mère Nature  est-elle clairvoyante ? » par H. Kokko. Les projets, basés sur le « problem  based learning », l’apprentissage par problème, ont permis pour leur part  de rapprocher des étudiants issus de champs scientifiques complémentaires avec,  au final, des rendus de très bonne qualité. Cette école s’est clôturée avec une  visite des infrastructures de recherches locales accompagnée d’un petit instant  festif en compagnie de chanteurs pyrénéens. Autant d’arguments, qui espérons-le,  convaincrons ces jeunes chercheurs de l’utilité de futures collaborations ! En savoir plus >>>
                                   
                                 

                               

Une nouvelle responsable administrative pour le LabExChristelle Gerardin

                               
                                 

Christelle Gérardin vient tout juste de prendre les            responsabilités de la gestion administrative et financière du            LabEx TULIP. Un retour aux sources pour cette toulousaine            d’adoption qui a participé à la création de la première Très            Grande Unité (TGU) du Centre INRA de Jouy-en-Josas : GABI            (Génétique Animale et Biologie Intégrative). Alors responsable            du pôle de gestion & administration, elle a géré avec son équipe en région parisienne de nombreuses problématiques, y compris l'organisation de            colloques scientifiques. « Ces rassemblements sont des moments privilégiés de rencontres et d'échanges avec tous les acteurs            de la recherche. Ce mode de fonctionnement en synergie avec            les équipes de recherche, est d’ailleurs ce qui me motive le            plus, car cela permet de mieux comprendre la finalité des            travaux engagés. Intégrer le LabEx TULIP, c’est aussi            multiplier les interactions grâce à des projets de recherche            axés sur une gestion durable de l'environnement... »Lire sur le site >>>
                                   
                                 

                               

A.Jauneau : Distingué pour épopée personnelle

                             
                               

Alain Jauneau« J’ai débuté ma carrière comme technicien de  laboratoire en microbiologie au sein de l’Université de Rouen… » Un  début qui ne laissait rien entrevoir de l’histoire qui a conduit Alain Jauneau  à monter, parfois contre vents et marées mais toujours avec la participation de  bonnes volontés, la plateforme d’imagerie occupant aujourd’hui une place  stratégique pour de nombreux laboratoires de la place toulousaine. La médaille  de Vermeil de l’académie d’Agriculture de France vient de sanctionner, ce 25  septembre, un parcours et un investissement rare.

                               

Depuis son poste de technicien à Rouen, remarquant sa curiosité, le   directeur du laboratoire poussa rapidement Alain Jauneau vers la   recherche. DEA puis thèse en poche, il travaille sur le rouissage du   lin...Lire la suite >>>
                                 
                             

                             
Actualitées scientifiques
                             

RSK1 : Le secret d’une résistance durable

Feuille A.thalianaChez les végétaux, alors que les gènes de résistance spécifiques, jusqu’alors largement utilisés, montrent leur limite face à l’évolution des organismes contre lesquels ils sont sensés prémunir, une équipe du LIPM (UMR 2594 INRA / CNRS) associant biologistes moléculaires à un généticien de l’adaptation, vient d’identifier un gène de résistance dite « quantitative ». Alors que ce type de résistance était connu, les mécanismes moléculaires qui la sous-tendent demeuraient quant à eux très peu connus. Intérêt : la résistance induite est non seulement plus difficilement contournable mais joue également sur un plus large spectre d’envahisseurs. Tour d’horizon d’un nouvel axe de recherche incarné par une publication dans PLoS Genetics.  En savoir plus >>>
                                   
                             

European COoperation in Science and Technology (COST) Action Food & Agriculture FA1106 – QualityFruit

                             
                               

COST QualityfruitComment les fruits charnus se développent, murissent et produisent leurs caractéristiques nutritionnelles et sensorielles si recherchées par les consommateurs ? Est-ce que la tomate et le raisin utilisent des stratégies et des voies de signalisations communes ou différentes pour contrôler leur processus de maturation? Pour répondre à ces questions, le laboratoire de Génomique et Biotechnologie des Fruits (INRA/INP-ENSAT) dirigé par M. Bouzayen coordonne depuis juillet 2012, un réseau European COoperation in Science and Technology (COST) Action FA1106 « QualityFruit ». Ce réseau financé par la Commission Européenne (RTD Framework programmes) regroupe à ce jour 47 laboratoires travaillant sur le fruit issus de 22 pays européens. Le budget de 600 K€ sur 4 ans est destiné à favoriser les échanges entre chercheurs européens et à promouvoir de nouvelles initiatives de recherches visant à identifier les mécanismes qui contrôlent le développement et la qualité des fruits charnus. En savoir plus >>>
                                 
                             

                             

Décrypter le dialogue chimique entre plante et champignon symbiotique

                               
symbiosesLes associations à bénéfice réciproque ou « symbioses » entre des plantes et des champignons mycorhiziens sont à la fois anciennes et répandues. Elles jouent même un rôle central dans la plupart des écosystèmes végétaux, à la fois parce qu’elles améliorent l'absorption des minéraux du sol mais également parce qu’elles contribuent à la protection des plantes contre des agents pathogènes fongiques.                                  En savoir plus >>>
                                 
                                   

L'histoire de l'olivier

                               

Olives - JP RogerSon fin feuillage vert argenté signe les paysages méditerranéens, mais ses racines historiques restent discutées : une équipe internationale de chercheurs apporte un nouvel éclairage à l'histoire complexe de l'olivier (Olea europaea), situant l'origine de sa première domestication au Proche-Orient. 
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La Mort cellulaire programmée : le sabordage des cellules végétales

                               
Mort cellulaire - MC AuriacUn sabordage cellulaire ? Egalement appelé « mort cellulaire programmée », il correspond à un mécanisme de défense relativement répandu chez les végétaux. En effet, dès que des cellules végétales détectent la présence d’un organisme étranger dangereux, elles entament une procédure d’autodestruction afin d’endiguer le flot infectieux. L'agent pathogène dépendant des moyens de productions de la plante, de « l’usine » cellulaire, est alors incapable de se  propager. Une équipe toulousaine du LIPM (INRA/CNRS) vient de franchir un pas dans la compréhension de ce mécanisme de défense… pour le moins vital… En savoir plus >>>
                                 
                                   

Les légumineuses préfèrent les intracellulaires

                               
Mort cellulaire - MC AuriacQu’est ce qui sépare une bactérie pathogène d’une bactérie symbiotique ?   Est possible de franchir les barrières qui les séparent ? Selon les   découvertes une équipe de chercheurs toulousaine, peu de modifications   semblent au final nécessaires pour transformer une « mauvaise » bactérie   en une « bonne » ! En savoir plus >>>
                                 
                                 
                                   
Rencontres scientifiques
                             

Journée de Rencontre entre les chercheurs du Labex  TULIP et les Semenciers du Sud-Ouest

                             

Technology transfert20 Novembre : Centre INRA de Toulouse Midi-Pyrénées - Salle de séminaire FRAIB
                                Cette journée de Rencontre entre acteurs académiques et privés,  vise à la construction d'une structure de transfert. La matinée sera dédiée à une présentation par des chercheurs publics  et privés   de sujets  tels que “Rendement & azote”, “Tolérance  au stress hydrique”, "Résistance aux maladies” et “Environnement”. L'après-midi  sera consacrée à une table ronde afin de réfléchir au projet de "Génération  d’une structure commune visant à faciliter les transferts Labex TULIP -  Semenciers du Sud-Ouest". Programme & inscriptions prochainement disponibles >>>
                                 

                             

Technology transfertJ. Komdeur: Adaptations comportementales en fonction des conditions écologiques et sociales

                             

8 Novembre à 10h30: Salle de séminaire EDB - Campus de l'Université Paul Sabatier
                                Jan Komdeur présentera  le   séminaire intitulé  :"Behavioural adaptations in relation to   ecological and social conditions" dans les locaux d'EDB (Bât 4R1 - Campus de l'Université Paul   Sabatier - Toulouse). Ses champs de recherche touchent à l’écologie comportementale, science   se concentrant sur les adaptations comportementales en fonction des   conditions écologiques et sociales...  Plus d'informations >>>
 

                             

Dernière minute
                             

Distinction AgreenSkills - jeune talentFernando SorrocheAgreenSkills

                               
                                 

Grâce au programme de mobilité “AgreenSkills”, Fernando  Sorroche, un jeune chercheur argentin, vient juste de rejoindre le LIPM et plus  précisément l’équipe “Fonctions symbiotiques, génome et évolution de rhizobia”,  dirigée par C.Masson & J.Batut. Après un DEA en microbiologie, il passe sa  thèse dans l’Université de Río Cuarto, travaillant sur les interactions inter-cellulaires  et aux réactions de la paroi chez rhizobia, une famille de bactérie capable  d’établir des relations symbiotiques avec son hôte. Ces recherches sont pour  lui l’occasion de débuter une collaboration avec des Universités étrangères, en  commençant par celle de Californie. Il se diversifie par la suite par un  post-doc en Suède, durant lequel il s’intéresse à une autre bactérie, Streptomyces.  Son arrivée sur le campus de l’INRA Midi-Pyrénées signifie donc pour ce  dernier, un approfondissement de son sujet principal, les symbioses.
                                   
                                    Le programme AgreenSkills permet à de jeunes chercheurs  d’obtenir des mobilités « entrantes » comme F.Sorroche, ou « sortantes »  comme Pierre Millard (UMR LISBP) parti pour l’université de Manchester durant  21 mois. Consulter le site dédié >>>
                                   
                               

                               

                               

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                                 LabEx TULIP
                                Chemin de Borde Rouge Auzeville - CS 52626 -                               31326 - Castanet-Tolosan - FRANCE -                                 www.labex-tulip.fr
                                                                Directeur de publication : D. Roby & E. Danchin - Rédacteur en chef: G. Esteve - Traduction vers l'anglais: A. Hery-Condom, C.Gough & D. Barker
                       
                 
           
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