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Labex TULIP

Lettre n°6

Publication le 17/03/2015
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Lettre n°6 - Mars 2015

EDITO

                                  Etienne Danchin & Dominique Roby                                 

Si la science progresse grâce à des moyens adaptés et des  personnels investis, le croisement de regards différents, issus de disciplines  complémentaires, constitue également un précieux moteur d’innovation. C’est  d’ailleurs le principe fondamental de notre LabEx que de faire travailler  ensemble deux communautés scientifiques complémentaires. Un autre principe  fondamental est de faire bouger les frontières de notre science. Nous avons  ainsi initié, suite à l'appel à projet "Projets innovants" en 2012, l'appel  à projets "New frontiers", avec pour résultat la qualification de 3  nouveaux projets.

                                 

Un autre volet, l’animation scientifique a aussi marqué  toute la vitalité de notre LabEx ces deniers mois. Après les journées  thématiques du laboratoire SEEM, nous avons soutenu le projet « Subtitree ».  Ce projet à l’impact national, a obtenu la médaille d’or ainsi que la « meilleure  approche expérimentale » lors du concours d’iGEM rassemblant plus de 245  équipes. Nous félicitons l’équipe d’étudiants et de chercheurs à l’origine d’une  bactérie chimère capable de combattre le chancre coloré, maladie ravageant les  platanes.

                                 

Dans la même ligne, nous avons soutenu plusieurs opérations  nationales et internationales. Ainsi, les colloques « Ecology and  Behaviour 2015 », « International Symposium on Plant Signaling and  Behavior » ou « ICAR 2015 » impliquent à la fois des ressources  humaines et financières du LabEx. Si soutenir est utile alors initier est bien  sûr indispensable. Nous renforçons donc nos actions phares comme le  « traditionnel » Meeting annuel programmé pour les 27 au 28 Avril  prochains et notre école d’été, lieu propice parmi tous aux échanges, qui se  déroulera pour cette 4ème édition du 18 au 24 Juillet. L’ensemble de ces  évènements constitueront autant d’opportunités de rencontres et, espérons-le,  de nouvelles collaborations…

                                 

Dominique Roby & Etienne Danchin
                                   
                                   

A la une
                                 

Projets new frontiers                                 

New frontiers                                   

Les projets « New frontiers » apportent de  nouvelles approches théoriques et conceptuelles ou bien développent de  nouvelles approches méthodologiques. Le caractère exploratoire de ces projets  implique une certaine prise de risque, cependant, cette sortie du cadre  habituel de la recherche peut également mener à repousser les frontières de nos  recherches actuelles. La première vague, sélectionnée en Mars 2012 par le Comité Scientifique International de TULIP, a abouti à la qualification de 5 projets d'une durée de 2 ans. La seconde vague a quant à elle, selon la même procédure,  vu la  qualification de 3 projets devant s’achever en 2016.
                                     
                                      Cette seconde sélection inclue des projets des plus originaux :  le premier porte sur la valeur adaptative de l’hérédité non génétique chez les  plantes, le second sur la suppression des mécanismes de défense des plantes par  un champignon pathogène et le dernier sur les gènes de l’altruisme chez l’homme.
                                     

                                                                       
Actualitées scientifiques
                                 

Duel plantes / agresseurs : quand les voisins s’en mêlent                                 
                                 

                                 
A.thaliana - F.Roux                                   

Soumises à des pressions de sélections réciproques, les plantes et les agents pathogènes qui leur sont associés se livrent à une course à l’armement. Chaque nouvelle stratégie offensive déployée par un virus ou une bactérie finit en effet par trouver son pendant défensif chez l’espèce végétale concernée. Cette « règle » vient cependant d’être contredite par une observation des plus étranges : chez une espèce végétale des plus banales, un gène de résistance à l’encontre d’un agent pathogène est maintenu depuis des millions d’années dans la nature… alors que cet agent est quasiment absent de toutes les plantes de l’espèce concernée… En résolvant cette énigme, les travaux de chercheurs impliquant le LIPM (INRA/CNRS), mènent à un point de vue riche en enseignements.

                                                                       

Le rôle des bactéries dans la reproduction :                                     Le témoignage de la mésange charbonnière
                                   

                                   
Mésange charbonnière © J.Bertrand (EDB)                                     

Que ce soit dans l’eau, l’air, le sol ou même les organismes, les bactéries ont colonisé tous les milieux. Le « microbiome », ensemble des microorganismes auxquels un individu est exposé, est cependant aussi bien composé de bactéries indispensables à notre survie que de bactéries nocives. Afin de permettre aux êtres vivants de favoriser les unes et de réguler les autres, des mécanismes de contrôle de ce microbiome ont évolué. Des chercheurs du laboratoire EDB (Évolution et Diversité Biologique - CNRS / UT3 / ENFA) se sont demandés comment la plus commune des mésanges eurasiatiques, la mésange charbonnière, régule son microbiome et, en retour, les effets que celui-ci peut induire sur l’oiseau… ainsi que sur sa descendance.

                                                                           

Stocks de carbone des forêts tropicales : Evaluer pour mieux protéger                                     
                                     

                                     
deforestation                                       

Les forêts tropicales sont d’importants réservoirs de biodiversité et jouent également un rôle essentiel dans le cycle du carbone. Leur dégradation pourrait donc avoir de graves conséquences sur le climat de notre planète. Une étude menée par de nombreux chercheurs de par le monde et coordonnée par Jérôme Chave (EDB) propose des outils statistiques pour évaluer de manière plus précise les conséquences de la déforestation tropicale sur le cycle du carbone.

                                                                             

                                Agriculture : Comprendre les mécanismes d’émergence de nouvelles maladies
                                       

                                       
equations                                         

Comprendre comment les agents pathogènes évoluent et s’adaptent pour devenir plus agressifs ou capables d’infecter de nouveaux hôtes constitue un enjeu majeur en santé publique comme en agriculture. Afin de mieux comprendre les mécanismes de cette adaptation, des chercheurs des Laboratoires "Interactions Plantes-Microorganismes" (LIPM INRA-CNRS) et "Évolution et Diversité Biologique" (EDB - CNRS-UT3-ENFA), ont justement recréé en laboratoire, les conditions d’évolution d’une bactérie pathogène de plante. Cette étude a permis d’identifier plusieurs mutations au niveau de gènes clefs de voûte de l’adaptation à la plante hôte.

                                                                               

                                La génomique revitalise les collections des muséums

                                 
                                   

espèce disparue © MNHNLes muséums d’histoire naturelle jouent un rôle majeur dans l’inventaire de la biodiversité. Depuis les premiers travaux de Linné, il y a environ 300 ans, ils ont ainsi accumulé des millions de spécimens. Aujourd’hui, bien qu’elles recèlent des espèces très rares voire éteintes, ces collections sont souvent sous-estimées. Mais que d’échantillons morts et récoltés il y a plusieurs dizaines ou centaines d’années, si ce n’est une approche basée sur des caractères morphologiques ? Des chercheurs du laboratoire EBD (CNRS/ UPS) ont eu l’idée de tester une technologie de séquençage à haut débit sur une espèce de graminée malgache éteinte et collectée il y a 100 ans. A l’aide du génome d’une de ses proches cousines, les chercheurs sont parvenus à reconstituer le génome d’une espèce pourtant éteinte… ouvrant des perspectives à de vieux rêves.

                                                                       

L’histoire évolutive et les traits des espèces déterminent leur vulnérabilité aux changements climatiques                                 

                                   

poissonFace aux changements climatiques récents, de nombreuses  espèces modifient leurs aires de distribution en se déplaçant soit vers les  pôles soit vers de plus hautes altitudes. Elles maintiennent ainsi leur  environnement à la température la plus propice à leur développement. Cependant,  les réponses varient grandement entre espèces. Est-ce que leurs  caractéristiques intrinsèques permettent d’expliquer cette variabilité ? Cette  question, pourtant cruciale pour évaluer la vulnérabilité, et donc la  résistance des écosystèmes face aux changements climatique, demeurait sans  réponse avant le travail des chercheurs du laboratoire EDB (UPS / CNRS).

                                                                                                           

Ecologie : Relier le temps et l’espace                                 
                                 

                                 
equations                                   

Comment évaluer la résistance d’un écosystème à des perturbations externes, telles que celles liées à l’activité humaine ? Au travers de nombreuses études, la compréhension des mécanismes de stabilité des écosystèmes à l’échelle locale ont largement progressé. Cependant, face à l’ampleur et à la globalisation des perturbations, il apparaît évident que la stabilité des écosystèmes doit être considérée à plus grande échelle. Or, l’écologie moderne manquait cruellement d’un cadre théorique cohérent pour lier des données spatiales à des données temporelles... Une lacune dorénavant comblée par l’équipe de Michel Loreau (CTMB – SEEM) et ouvrant sur de nouvelles perspectives, de nouvelles échelles de raisonnement.

                                                                       

Les gènes symbiotiques voyagent accompagnés d’accélérateurs d’évolution                                 
                                 

                                 
Nodule                                   

Comment une fonction aussi complexe que la capacité à fixer l’azote de l’air en symbiose avec une légumineuse a-t-elle pu se propager dans des genres bactériens autant éloignés les uns des autres ? Pour le savoir, des chercheurs du Laboratoire des Interactions Plante-Microorganismes (LIPM) de Toulouse grâce à un financement TULIP ont rejoué, en laboratoire, l’évolution de ces bactéries appelées rhizobia. Ils ont ainsi découvert, en collaboration avec l’Institut Pasteur Paris et le Genoscope d’Evry, un mécanisme qui facilite l’évolution des celles-ci : les gènes symbiotiques sont transférés en même temps que des gènes élevant le taux de mutation du génome d’accueil. L’explosion de diversité génétique qui en résulte confère un coup d’accélérateur à l’émergence de nouveaux rhizobia.

                                                                       
Vie du labex
                                 

P.Legendre : un père de l’Ecologie numérique sur Toulouse
                                 

                                 
Pierre Legendre                                   

En mai  prochain le laboratoire EDB recevra, grâce au programme « Visiting  scientist » du LabEx TULIP, un invité de renom en la personne du Pr.  Pierre Legendre. Cet enseignant-chercheur, des plus prolifiques (auteur de 433  publications et cité plus de 47000 fois) a largement contribué au virage ayant  conduit à l’écologie actuelle, dite « numérique ». Une de ses œuvres,  « Numerical Ecology », véritable bible en la matière, intègre  l'acquis de nombreuses disciplines mathématiques dans un schéma général  d'analyse de données écologiques. P. Legendre, basé à l’université de Montréal  depuis 1980, viendra donc exceptionnellement sur Toulouse, au sein du  laboratoire EDB, pour une durée de 3 mois (7 Avril / 27 Juin) afin d’échanger avec les  chercheurs et étudiants des différents laboratoires membres du LabEx. Quatre séminaires sont d'ores et déjà prévus.

                                                                       

Recrutement de post-doctorants                                 

Young scientists for the futureIls étaient près de 200 à avoir postulé sur les bourses  dédiées à des contrats post-doctorats de 2 ans… Après une journée ouverte à la  communauté scientifique et dédiée aux présentations des candidats sélectionnés,  un jury extérieur aux laboratoires partenaires du LabEx et composé d'experts  nationaux, a tranché parmi les 11 derniers candidats en lice... La prise de fonction doit se faire avant ce mois d'Avril.

                                 
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Une bactérie pour sauver les platanes du Canal du Midi                                 

                                   

SubtitreeLe sud de la France, le midi et son canal homonyme, son calme et ses platanes...en péril ! C’est à partir de ce dernier constat qu’un groupe d’étudiants encadrés par des enseignants chercheurs du LISBP/INSA Toulouse et de l’UPS ont décidé de s’impliquer et d’y remédier. Un succès pour ce projet, soutenu par TULIP en raison des objectifs pédagogiques et des thématiques abordées. Des résultats des plus probants ont  déjà été obtenus et les étudiants ont par ailleurs été récompensés lors du prestigieux concours initié par le M.I.T. : l’IGEM (International Genetically Engineered Machine competition).

                                   
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Dernière minute
                                 

                                Meeting TULIP 2015 - 27/28 Avril à Toulouse
                                   

                                   
Meeting 2015                                     

Cette nouvelle édition du meeting de TULIP permettra de  faire un point sur l'état d'avancement des projets centraux, au cœur de la  stratégie scientifique du LabEx ainsi que sur les projets lié à l'attribution  d'un nouveau package junior via le recrutement de J.M. Montoya. De plus, le colloque sera l'occasion d'accueillir Armin Djamei (Gregor Mendel Institute, Austria), Roulin Alexandre (Université de Lausanne), et Dani Zamir (Hebrew University of Jerusalem). Enfin, des points concernant l'ancrage dans le paysage local  (TTT & IDEX Unity),ou national (ANR) seront présentés.

                                                                           

                                Ecology and Behaviour 2015 - 18/21 Mai à Toulouse
                                 

                                 
Colloque Ecology & Behaviour 2015                                   

Ce colloque, soutenu par le LabEx TULIP, aborde les thématiques de recherche allant de l’écologie comportementale, à la biologie évolutive en passant par l’éthologie. Les présentations s'effectuent face à un public international de jeunes chercheurs et ce, dans une ambiance conviviale.

                                                                       

Colloque ICAR 2015 - 5/9                                    Juillet à Paris
                                   

                                   
ICAR 2015                                     

Le colloque ICAR (International Conference on Arabidopsis Research) est un évènement qui réunit depuis 1987 la communauté travaillant sur  la plante modèle Arabidopsis thaliana.  Figurent notamment parmi les objectifs, le partage et l'amélioration des  connaissances sur les processus biologiques de la plante ainsi que le  développement d'applications concernant la production de semences dans des  environnements contraints. Ce sera la première fois que ce colloque se déroule  en France.

                                                                           

International Symposium on Plant Signaling and Behavior - 29 Juin / 2 Juillet à Paris                                     
                                     

                                     
plant signaling and behavior                                       

Ce colloque transdisciplinaire rassemble des chercheurs du monde entier afin  de discuter des dernières avancées sur la manière dont les plantes interagissent,  communiquent, apprennent, se développent, ressentent leur environnement et survivent  dans un milieu en pleine évolution. Ce colloque vise notamment à favoriser les  interactions transdisciplinaires entre biologistes végétaux, cellulaires, écologistes  des plantes ainsi que tous les chercheurs intéressés par ce vaste domaine.

                                                                             

Ecole d'été 2015                                  - 18/24 Juillet 2015

New frontiers                                   

Cette école d'été, mêlant biologie végétale et écologie,  accueillera   jusqu'à 25 étudiants issus de master, thèse ou  post-doctorat. Cet   évènement, qui se déroulera dans un cadre de charme au sein des Pyrénées   françaises, compte notamment comme point fort, un programme   scientifique  unique, associant des présentations de scientifiques de   renoms et des travaux en atelier afin de   mettre les étudiants en situation. La prise  en charge est intégralement   assurée depuis l’arrivée à  Toulouse et seuls les billets d’avions   demeurent donc à la charge des étudiants.
                                     

                                                                                                           
Dernière minute
                                   

Journée prestige - 28/29 Mai 2015 - réservez la date !                                                            

Les 28 et 29 Mai prochains, Darrell Desveaux et David Guttman, tous deux basés au sein de l'Université de Toronto au Canada, viendront à l'occasion de ces deux journées au sein du centre INRA d'Auzeville présenter leurs travaux et échanger avec la communauté toulousaine. Plus d'informations prochainement sur le site du LabEx.

                                 

 

                                  Biodiversité : vers une sixième extinction de masse                                   

Couverture du livreAinsi s’intitule le livre publié par un regroupement de quatre scientifiques, parmi lesquels figure Michel Loreau du CMBT, recruté via le LabEx.

                                   

Le livre lance un cri d’alarme, certes engagé mais toujours sur une base exempte des émotions habituellement rencontré dans ce type de débat : une approche éloignée des habituels lieux communs rencontré dans le traitement de telles problématiques...

                                   
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                                  logospartanaires                                 
                         
                                                                                                                                                               
                                                                                                                         
 LabEx TULIP
                            Chemin de Borde Rouge Auzeville - CS 52626 -                               31326 - Castanet-Tolosan - FRANCE - www.labex-tulip.fr
                            Directeur de publication : D. Roby & E. Danchin - Rédacteur en chef: G. Esteve - Traduction vers l'anglais : ATENAO
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