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Labex TULIP

Lettre n°7

Publication le 20/11/2015
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Lettre n°7 - Novembre 2015

EDITO

                                 

Le LabEx TULIP vise depuis son démarrage à couvrir le champ  de l’ensemble des interactions biotiques depuis l’échelle infra-individuelle (du  gène à l’individu) jusqu’à l’échelle supra-individuelle (des individus aux  populations et écosystèmes). Il s’agissait donc de rapprocher deux disciplines  qui s’ignorent trop souvent. Les champs scientifiques « infra-individu » étant, à l’origine        du LabEx, bien mieux couverts par notre communauté, l'un des défis        du projet TULIP, est donc de renforcer ceux  relatifs à l’échelle supra-individuelle... Ainsi, via des recrutements et projets, et par la naissance de nouvelles  collaborations internes, des alliances ont été établies, créant autant de ponts  reliant ces différentes approches.  Par ailleurs, notre production scientifique ne cesse d’augmenter, tant en termes de volume que de qualité.

                                 

Grâce au développement et à la structuration de notre  communauté autour d’un projet commun, notre dynamique vient d’être reconnue de  manière extrêmement positive par un jury international à l’occasion de  l’évaluation à mi-parcours du LabEx TULIP, nous permettant d’être reconduits pour  la seconde partie du mandat 2015-2020. De plus, TULIP faisant partie de l’IDEX toulousain UNITI, il participe à        la préparation de son évaluation prévue pour le printemps 2016.

                                 

                                    Nous souhaitons ici remercier tous ceux qui par leur travail  rendent possibles ces avancées majeures et qui par leur grande ouverture  d’esprit participent à décloisonner nos deux domaines d’investigation. Un  projet comme TULIP est par essence un projet collectif, et l’action de chacun,  visible ou non, participe grandement à son avancement et son succès.

                                 

Une bonne nouvelle ne venant jamais seule, vous pourrez  découvrir au gré de cette 7ème lettre les nouveaux succès financiers  ou les nouvelles recrues venant consolider TULIP.                                 

Dominique Roby & Etienne Danchin
                                   
                               

A la une
                                 

L’environnement génère et sélectionne la variation entre individus :                               Une nouvelle opération d’attractivité "junior"

Banynana male David Duneau                                   

Patrícia  Beldade  rejoindra le périmètre du LabEx TULIP au cours du premier trimestre 2016. Grace à un package junior et une expérience internationale, elle y développera une approche scientifique novatrice au sein du laboratoire EDB et du Labex.

                                   

Au cours d'une interview, elle fait part de son parcours, de ses motivations et surtout de son projet sur la « plasticité phénotypique », avec les papillons comme principaux figurants.  Cette plasticité, variation due à l’environnement et son rôle dans l’évolution des organismes, peut en effet mener à des adaptations locales comme à de véritables révolutions dans le vivant...
                                 

                                                                       
Actualitées scientifiques
                                 

Les ruses moléculaires de l’Arabette

                                 
                                   

PopP2 ©L.DeslandesCamouflage, vitesse, illusion d’optique… Le règne animal regorge de stratégies permettant aux prédateurs de capturer leurs proies ou, inversement, à ces dernières de leur échapper. Il est cependant moins aisé de penser que de telles stratégies ont pu être déployées à d’autres échelles… telles qu’à l’intérieur même de cellules ! C’est pourtant un mécanisme surprenant qui a été découvert par un groupe de chercheurs mené par Laurent Deslandes (LIPM – INRA / CNRS) : une bactérie pathogène court-circuite les défenses des cellules végétales en empêchant le déclenchement du « signal d’alarme ». Plus étonnant encore, les cellules végétales ont en retour développé un leurre destiné à prendre l’envahisseur à son propre piège. Récit d’une découverte aux potentialités multiples publiée ce 21 mai dans la prestigieuse revue Cell.

                                                                       

La relation entre abondances de proies et de prédateurs suit une loi universelle à l’échelle planétaire

                                   
© Amaury Laporte                                     

L’écologie considère habituellement que la biomasse de prédateurs d’un écosystème varie proportionnellement à celle de leurs proies. Une étude publiée le 4 septembre dans Science par une équipe franco-canadienne vient pour la première fois contredire cette théorie. En s’appuyant sur une base de données de plus de 2000 communautés d’espèces, les scientifiques ont en effet constaté que la biomasse totale des proies augmentait bien plus vite que celle des prédateurs et selon des proportions similaires pour la totalité des écosystèmes analysés. De tels résultats suggèrent que les écosystèmes possèdent un degré d’organisation bien plus grand que celui qu’on leur prêtait jusqu’alors.

                                                                           

Une nouvelle voie de régulation des gènes                                 

                                   

©LRSVLes microARN sont depuis longtemps considérés comme des molécules jouant un rôle dans la régulation de l’expression des gènes. En revanche, les molécules à leur origine, les transcrits primaires, si ce n’est constituer une étape intermédiaire dans l’élaboration de ces microARN ont toujours été jugés comme dénués de toutes fonctions. En révélant le rôle de ces transcrits, une équipe du LRSV (UT3 / CNRS) à l’origine de cette découverte vient non seulement d’abattre un dogme ayant résisté plus de 20 ans mais également de révéler des applications insoupçonnées… ayant déjà fait l’objet de plusieurs brevets.

                                                                                                           

Liens familiaux, gages d’adaptation ?

                                       
© Fabien Jan                                         

De nombreuses espèces animales vivent en meutes, couples, colonies… Pour autant, en regard d’espèces où les individus demeureraient isolés, s’il y a bien des avantages à de telles organisations sociales telles que la capture de proies ou la défense contre les prédateurs, elles présentent également des désavantages tels que faciliter la circulation de parasites et autres agents pathogènes. Afin de comprendre l’utilité ou les conséquences génétiques de ces « structures sociales », Bárbara Parreira, étudiante de thèse à l’Instituto Gulbenkian de Ciência et L. Chikhi (EDB / Instituto Gulbenkian de Ciência / LabEx TULIP / LIA BEEG-B) ont étudié l’influence de la structure sociale sur la variabilité génétique des individus et donc, sur le potentiel d’adaptation des populations.

                                                                               

Un pivot de l'immunité identifié chez les plantes

                                 
Cultures - Laurent Noel                                   

Supprimer les réponses immunitaires de l'hôte compte parmi les actions essentielles des agents pathogènes. Cependant, comme tout mécanisme moléculaire, il n’est ni infaillible ni sans danger. Il le reste jusqu'à ce que l'hôte évolue, trouve le talon d'Achille et mette en place une riposte adaptée. Les chercheurs du LIPM, en collaboration avec une équipe chinoise, sont non seulement parvenus à décrypter de nouveaux mécanismes immunitaires, fruits de millions d’années de coévolution entre plantes et bactéries, mais également à assembler ces derniers autour d'un nœud prenant la forme d’un véritable pivot de l'immunité végétale. Ce travail a été publié dans Cell Host & Microbe.

                                                                       

Quand les plantes combattent les herbivores

                                     
F.Roux LIPM                                       

Afin de se prémunir des attaques de leurs prédateurs, de nombreuses plantes de la famille des crucifères ont acquis une redoutable défense. Ce genre de poison, appelé « mustard oil bomb » en raison de sa prévalence chez la moutarde, n’a d’effets que lorsque la plante est consommée par un brouteur. Travaillant sur les bases génétiques de ce cocktail toxique chez la plante modèle A. thaliana, un groupe de chercheurs menés par J. Bergelson (Université de Chicago) et F. Roux (LIPM) ont réalisés une découverte surprenante. Cette défense, fruit de la sélection naturelle, n’est efficace qu’avec de très rares combinaisons de 3 gènes indépendants. En dépit de cela, plusieurs populations de plantes se dessinent pourtant en Europe de l’Ouest, signifiant un véritable « saut évolutif » pour passer directement d’une combinaison gagnante à une autre…

                                                                             

Décryptage du génome d’Eucalyptus grandis, le feuillu le plus planté au monde

                                 
© J.Grima-Petenatti                                   

Avec une superficie mondiale de 20 millions d’hectares de plantations industrielles, les Eucalyptus sont les feuillus les plus plantés au monde. Aujourd’hui encore essentiellement destinés à la production de pâte à papier, ces arbres à la croissance rapide représentent une importante source de biomasse renouvelable et pourraient constituer, au travers des biocarburants de deuxième génération, une réponse aux demandes croissantes en énergie. Compte tenu des enjeux économiques considérables, mais aussi des enjeux sociaux et écologiques que représentent les plantations d’Eucalyptus, il est crucial de comprendre comment ceux-ci fabriquent leur « bois », résistent à des conditions climatiques contraignantes ou à des bio-envahisseurs. C’est dans cette optique qu’un consortium international impliquant l’équipe « génomique fonctionnelle de l’Eucalyptus » au LRSV (CNRS/UPS) menée par J. Grima-Pettenati, vient de décrypter le génome d’Eucalyptus grandis, véritable « Atlas » des possibilités que réserve cette espèce.

                                                                       

Hyper dominance du cycle de carbone Amazonien

                                       
© J.-P. Male                                         

Outre leur diversité, les arbres Amazoniens occupent une place prépondérante dans le cycle du carbone. Par leur croissance et en dépit de la mortalité, ils stockent plus de carbone organique dans leur biomasse qu’aucun autre écosystème sur terre. L’extraordinaire diversité des forêts Amazoniennes dissimule cependant le fait que cette abondance d’espèces est fortement biaisée en faveur de quelques espèces « hyper-dominantes », espèces dont la fréquence est largement supérieure aux autres.

                                                                               
Vie du labex
                                 

Calendrier des actions TULIP

                                 
                                 

- Appel à projets New frontiers : Ouvert à la communauté TULIP du 4 janvier au 4 mars 2016. Comme d’habitude, il s’agit de projets dépassant les cadres habituels, si possible alliant des approches supra et infra individu.
                                      - Appel à projets Innovation : Prochainement ouvert pour une durée de 3 mois à la communauté TULIP et aux sociétés privées. Cet appel à projets vise à stimuler des collaborations avec des partenaires privés, sur des actions de valorisation ou pré-maturation/pré-valorisation.
                                      - Meeting international du LabEx TULIP : 19-20 Avril 2016.
Cette édition de notre meeting annuel sera accompagnée de la présence du Comité Scientifique International de TULIP.
                                      - Summer School 5ème édition : 9 au 15 Juillet 2016 / Domaine de Ramonjuan
                                      - Visiting Scientist : Les chercheurs suivant viendront dans le cadre de cet appel à projet au sein des laboratoires partenaires du LabEx pour un séjour compris entre 15 jours et 3 mois  :                                     Jason D. Hoeksema (USA),                                     Lee Altenberg (USA),                                     Federico Ariel, (Argentine),                                     Jörgen Johnsson (Suède),                                     Kostas Triantis (Grèce),                                     Paul Rainey (Nouvelle Zélande).
                                   
                                 

                                                                     

Une bourse ERC "Advanced Grants" pour M. Loreau, 1ère opération d'attractivité TULIP en 2012                               

Michel Loreau - McGill University                                   

Le Conseil européen de la recherche (ERC) vient de publier la liste des lauréats des "Advanced grants", destinées aux chercheurs expérimentés. Michel Loreau (Station d’Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis), recruté avec l’aide de l’appel d’offre TULIP, mènera dans le cadre de cette ERC, un projet portant sur la modélisation des écosystèmes et intitulé « BIOSTASES » : Biodiversité, stabilité et viabilité dans les systèmes écologiques et sociaux spatialisés.
                                 

                                                                       
Dernière minute
                                 

Colloque Plant Protease - Oxford : 10/12 Avril 2016

                                 
logo Plant proteases                                   

Ce colloque, soutenu par TULIP, portera sur l'étude des mécanismes des végétaux au travers des protéases.

                                                                       

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 LabEx TULIP
                            Chemin de Borde Rouge Auzeville - CS 52626 -                               31326 - Castanet-Tolosan - FRANCE - www.labex-tulip.fr
                            Directeur de publication : D. Roby & E. Danchin - Rédacteur en chef : G. Esteve - Traduction vers l'anglais : ATENAO
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