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TITLE: Epigenetic regulation of intragenic transposons and gene transcription in plant genomes

Affiliation : Plant Epigenetics Unit, Okinawa Institute of Science and Technology (OIST), 1919-1 Tancha, Onna-son, Kunigami-gun, Okinawa, 904-0495, Japan

https://inrae-fr.zoom.us/j/94423493506?pwd=VUNZM1VFNHNCa3J4cDZrWnJCSUZWUT09
ID de réunion : 944 2349 3506
Code secret : Hsaze2023!

Les génomes des eucaryotes supérieurs contiennent de nombreux éléments transposables (TEs) qui sont souvent réduits au silence par des mécanismes épigénétiques, tels que les modifications des histones et la méthylation de l'ADN. Bien que la mise sous silence des éléments transposables affecte négativement l'expression des gènes voisins, des études récentes ont révélé la présence d'éléments transposables intragéniques marqués par des marques épigénétiques répressives au sein d'environnements chromatiniens permissifs sur le plan de la transcription. Cependant, les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la régulation des TEs intragéniques et leur impact potentiel sur l'expression des gènes sont encore mal compris. Nous avons analysé la distribution à l'échelle du génome et la régulation épigénétique des TEs intragéniques dans les génomes d'Arabidopsis et de riz et avons révélé que l'état répressif de la chromatine des TEs intragéniques est essentiel pour une transcription et un épissage corrects des gènes associés. En outre, notre récente analyse du séquençage de l'ARN à long terme du transcriptome d'Arabidopsis a identifié une production globale de transcrits chimériques TE-gènes dans des milliers de loci génétiques d'A. thaliana, les séquences TE étant souvent associées à des sites alternatifs de démarrage ou de terminaison de la transcription. Notre étude fournit de nouvelles informations sur la manière dont les TEs intragéniques affectent le paysage transcriptionnel des génomes végétaux et suggère l'importance des mécanismes épigénétiques régulant les TEs au sein des unités génétiques transcriptionnelles.

Correspondence:  hidetoshi.saze@oist.jp

References :

Berthelier J, Furci L, Asai S, Sadykova M, Shimazaki T, Shirasu K, Saze H. (2023) Long-read direct RNA sequencing reveals epigenetic regulation of chimeric gene-transposon transcripts in Arabidopsis thaliana. Nat Commun. 

Miryeganeh M, Marlétaz F, Gavriouchkina D, Saze H. (2022) De novo genome assembly and in natura epigenomics reveal salinity-induced DNA methylation in the mangrove tree Bruguiera gymnorhiza. New Phytol. 

Le NT, Harukawa Y, Miura S, Boer D, Kawabe A, Saze H. (2020) Epigenetic regulation of spurious transcription initiation in Arabidopsis. Nat Commun. 

Espinas NA, Tu LN, Furci L, Shimajiri Y, Harukawa Y, Miura S, Takuno S, Saze H. (2020). Transcriptional regulation of genes bearing intronic heterochromatin in the rice genome. PLoS Genet.