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Au cours de la première année, le Master propose

Une semaine d'intégration (30 h) qui vise à donner une formation transversale en Communication Scientifique, Intégration Professionnelle et Carrière, Éthique des Sciences et Risque et Prévention Professionnels. Un module “Mastering Grant Application”, conçu comme un jeu de rôle, est également proposé pour illustrer toutes les facettes de la rédaction, de la réponse et de l'évaluation des demandes de subvention. Une activité “Outdoor Team-Building” complète cette semaine d’intégration qui est organisée en-dehors des deux campus universitaires.

“Guided Tour of the TULIP Consortium (210 h)”. Les étudiants passent une semaine dans chacune des six unités TULIP de Toulouse, Moulis et Perpignan, où enseignants et chercheurs organisent des formations théoriques et pratiques centrées sur les principaux projets de recherche des laboratoires. Une visite des plateformes technologiques associées a chacun des laboratoire est également réalisée. Un examen évalue les compétences acquises à la fin de chaque semaine.

Programme des enseignements du Guided Tour - Master 1

La formation proposée permet aux étudiants d’acquérir les connaissances nécessaires en Biologie Fonctionnelle, en Ecologie-Evolution et en Statistiques afin de développer des projets de recherche à l’interface entre ces disciplines. Des visites des laboratoires TULIP et des plateformes associées (Aquatron, Metatron, Genomique-sequencage, metabolomique, microscopie, phenotypage) sont réalisées lors de cette formation.

Biologie fonctionnelle (~ 100h) : Mécanismes de régulation des gènes eucaryotes au cours du développement et en situation de stress; épigénétique et architecture de la chromatine (méthylation ADN, modifications des histones, marques épigénétiques); RNA interference et petits ARN, maturation des ARN, stabilité, transport, traduction ; Épitranscriptomique ; Protéines de liaison à l'ARN ; Modifications post-traductionnelles, ubiquitination, sumoylation ; Génétique inverse et génétique directe, édition des génomes ; Méthodes et stratégies de séquençage des génomes, transcriptomique, translatomique et dégradome ; Concepts de signalisation cellulaire appliquées aux interactions plantes micro-organismes et au développement ; Développement des plantes , hormones ; Concepts généraux en pathologie végétale et analyse du pouvoir pathogène chez les micro-organismes, adaptation à l’environnement, étude des réponses immunitaires et interactions avec les changements climatiques ; interactions symbiotiques au niveau racinaire et dans la phyllosphère, évolution des génomes chez les bactéries symbiotiques, symbioses avec les champignons et développement nodulaire, rhizogenèse ; adaptations dans les communautés végétales.

Ecologie -Evolution (~ 100h) : Comment faire de la recherche en écologie et en évolution ? Introduction aux concepts clés en dynamique des populations; Gènes, écologie et évolution ; formation des espèces; coopération et mutualismes en écologie comportementale; fonctionnement des systèmes et prédiction des comportements. Pourquoi la diversité des espèces varie d'un endroit à l'autre ? La nature est-elle chaotique? Diversité intraspécifique: conséquences et conservation des écosystèmes; Comment le comportement animal et les impacts humains interagissent ? Changement climatique et systèmes naturels: impacts, défis de la conservation; Diversité environnementale et épigénétique, de l'expression des gènes au fonctionnement des écosystèmes; holobionte, interactions du microbiote hôte (bactéries, archaebactéries, virus, protistes); dynamique de l'holobionte et fitness; coévolution, méthodes d'analyse avec exemples des laboratoires: phylosymbiose chez les escargots vecteur de schistosomiase / réponse de l'holobionte du corail au stress thermique / dysbiose et maladie chez les huîtres); Compatibilité hôte-parasite et interactions immunobiologiques; de la molécule à la population. Observation du cycle de vie des parasites ; visites infrastructures expérimentales (vertébrés et invertébrés). Mécanismes de virulence, cytotoxité et évasion immunitaire observés dans les populations naturelles de vibrions colonisant les huîtres. Une vision intégrative, de la génétique aux interactions cellulaires et moléculaires; Introduction à la biologie théorique et à la biologie des systèmes, modélisation.

Statistiques pour la Biologie (~ 20 h) : Introduction à R et programmation, tests d'hypothèses paramétriques et non-paramétriques (tests de distribution, tests d'indépendance, comparaisons de moyennes et de variances, ANOVA), modèle linéaire (régression simple et multiple, ANCOVA) et modèle linéaire généralisé, classification et analyses multivariées (ACP).

Team Construction of the “Junior Lab” Project (8 weeks). Travaillant en petits groupes, les étudiants abordent des problèmes soulevés et proposés par les organisations à but non lucratif, les associations, les réserves naturelles, les municipalités, les organisations professionnelles ou les entreprises privées. Avec l'aide de tuteurs, les étudiants rédigent une demande de subvention décrivant notamment (i) l'aspect interdisciplinaire de leur stratégie pour résoudre ces problèmes, (ii) les protocoles expérimentaux avec les coûts associés, et / ou (iii) les modèles statistiques / théoriques qui sont proposés.

Team implementation of the “Junior Lab” Project and Reporting (5 months). Chaque équipe d'étudiants met en œuvre la stratégie expérimentale ou l’approche de modélisation proposée dans sa demande de subvention "Junior Lab". Un accès aux équipements expérimentaux et / ou aux équipements informatiques nécessaires sont assurés et, sous la supervision des tuteurs, les équipes sont suffisamment autonomes pour organiser et exécuter leur projet. Chaque équipe rédige ensuite un rapport sur son projet «Junior Lab» et le défend devant un jury.

Avant d'intégrer le M1, Voici une liste non exhaustive de livres pour se mettre à niveau en écologie et en biologie fonctionnelle:

Natural systems: The Organisation of life
Auteur: Markus Eichhorn
Ed: Wiley-Blackwell
Année: 2016

The Tangled Bank: An Introduction to evolution
Auteur: Carl Zimmer
Ed: Roberts & Company Publishers
Année: 2009

Molecular Biology of the cell, 5th Edition
Auteur:Bruce Alberts
Ed: Garland Science
Année: 2008

Biology of Plants, 8th Edition
Auteurs: Peter Raven, Ray F. Evert, Susan E. Eichhorn
Année: 2012

Au cours de la 2ème année, la TULIP-GS propose

Two Guided Tours of the International Community (2 weeks). La formation au cours de ces deux semaines est assurée par dix scientifiques internationaux de renom qui donnent des conférences suivies de tables rondes et d’exercices pratiques.

Construction of the individual Internship Project (7 weeks). Sur la base des connaissances acquises au cours des deux “Guided Tours” et de la 1ère année, les étudiants définissent un sujet de recherche interdisciplinaire et travaillent avec un tuteur pour le développer. Chaque étudiant défendra tous les aspects de son projet (y compris le financement) devant un jury de la TULIP Graduate School. Les étudiants M2 qui doivent être hébergés par des laboratoires autres que les laboratoires TULIP pour tout ou partie de leur projet seront éligibles pour une bourse de mobilité “TULIP-GS Master Mobility Packages”.

Individual Internship and Reporting (7 months). Sous la supervision de leur tuteur, les étudiants réalisent leur projet de stage. Un rapport d'étape à mi-parcours est demandé, suivi d'un rapport final et d'une soutenance orale devant un jury.

Team Writing of a Mini Review Article (6 weeks). Les étudiants réalisent une recherche bibliographique sur un sujet qu’ils auront choisi, et à partir de laquelle ils rédigent un article de synthèse. Ce travail est réalisé en petit groupe (2-4 étudiants) sous la supervision d’un tuteur. Enfin, un jury TULIP Graduate School sélectionne les articles de synthèse les plus originaux et les plus aboutis en vue de leur soumission à une revue scientifique pour publication.