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Dernière mise à jour : Mai 2018

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L’exploration des relations entre symbioses mycorhiziennes et productivité des plantes facilitée par MycoDB

MycoDB
© Pierre Arthur Moreau
Monique Gardes est co-auteure de la méta-analyse ayant conduit à la création de MycoDB, plus grande base de données mondiale sur les relations entre symbioses mycorhiziennes et productivité des plantes, composée de 438 publications uniques incluant les résultats de 4100 études.

La création de cette base de données vise à fournir les éléments nécessaires pour des meta-analyses multifactorielles afin d’élucider le contexte écologique et évolutif dans lequel les mycorhizes affectent la productivité de la plante. Au titre de spécialiste de la symbiose ectomycorhizienne, sur laquelle elle travaille depuis 30 ans, ainsi que de la phylogénie des champignons mycorhiziens, Monique Gardes (UPS, CNRS, ENFA; UMR5174 laboratoire EDB) faisait partie du groupe de travail interdisciplinaire au cœur du projet de méta-analyse reposant sur la base MycoDB. Ce groupe de travail intitulé « Solving problems in model sélection and phylogeny in mixed multi-factor meta-analysis » animé par Jason Hoeksema et financé par NESCENT (The National Evolutionary Synthesis Center, Duke University) aura su fédérer une douzaine de mathématiciens, informaticiens, biologistes (évolutionnistes, et écologues) du monde entier et rassemblé jusqu’à 80 collaborateurs.

10 années d’amélioration de la base de donnée

Ce groupe de travail faisait suite à un précédent groupe fondé par Jason Hoeksema cherchant à produire une méta-analyse de données écologiques sur la symbiose mycorhizienne amenant à la publication d’un article (cf. bas de page). Sur la base de ces premiers résultats et cherchant à déterminer s’il existait une composante phylogénétique qui pourrait expliquer la variabilité observée dans la réponse des plantes en fonction du contexte environnemental, le groupe de travail s’est engagé à améliorer ses algorithmes de modélisation, ajouter les informations phylogénétiques et améliorer la base de données. Bala Chaudhary a piloté l'établissement de la base de données sur laquelle repose la méta-analyse. Des publications concernant les réponses de 351 espèces de plantes à l’inoculation de mycorhize fongique, incluant des paramètres méta-analytiques et 24 variables additionnelles qui décrivent les contextes biotiques et abiotiques de chaque étude, ont été compilées menant à la conception de MycoDB. Partant de 183 publications en 2005, la base de données inclue maintenant 438 publications, ce qui pourrait bien en faire la plus large base de données méta-analytique en écologie.

Une philosophie open-source

Heureuse d’avoir été invitée à construire une base de données publique, Monique précise qu’il « est fondamental que les données soient rendues accessibles le plus vite possible, il faut continuer à développer et promouvoir les open-datas dans nos domaines. Cette base de données peut être utilisée pour l’étude des facteurs du déterminisme de la variabilité de la réponse des plantes à l’inoculation (en intégrant les composantes phylogénétiques et les facteurs de l’environnement comme azote et phosphore) mais également afin de répondre à des questions sur l’adaptation des plantes et des champignons en symbiose. » La base pourrait donc intéresser des personnes travaillant sur l’adaptation ou confrontées à des problématiques de restauration d’habitat, ou de production (choix du champignon).

Jason Hoeksema était venu sur notre campus une première fois en mars 2014 dans le cadre des séminaires de la FR AIB (Fédération de Recherche Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité) où il avait donné un séminaire intitulé « Mycorrhizal coevolution and community genetics of Pinus » et avait animé un atelier de travail à EDB sur la méta-analyse en écologie et évolution. Il revient à Toulouse cet automne (du 1er au 14 Novembre), invité par TULIP en tant que Visiting Scientist pour travailler notamment avec Monique G. et sa collègue Mélanie R.

Voir aussi

Chaudhary, V. B. et al. MycoDB, a global database of plant response to mycorrhizal fungi. Sci. Data 3:160028 doi: 10.1038/sdata.2016.28 (2016).

 

Hoeksema, J. D. et al. A meta‐analysis of context‐dependency in plant response to inoculation with mycorrhizal fungi. Ecol. Lett.13, 394–407 (2010).

 

Rua et al. Home-field advantage? evidence of local adaptation among plants, soil, and arbuscular mycorhizal fungi through meta-analysis. BMC Evolutionary Biology 16: 122 (2016).