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Dernière mise à jour : Mai 2018

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La génomique lèvera-t-elle le voile sur les origines de l’éléphant de Bornéo ?

R.Delvaux
L’éléphant de Bornéo, est un éléphant qui trompe… encore plus que ses congénères ! En effet, outre sa taille qui en fait le plus petit de son espèce et sa population réduite, ses origines, empreintes de mystère, font également polémique. Comment retracer l’histoire d’une espèce dont la dispersion géographique demeure si limitée, cantonnée à une petite zone au nord de l’immense île de Bornéo ? Peut-on comme pour l’homme lire son passé, son histoire, au sein de ses gènes ? En utilisant deux techniques de séquençage haut-débit, des chercheurs du laboratoire EDB (Evolution et diversité biologique) et de l’IGC (Instituto Gulbenkian de Ciência), en collaboration avec des chercheurs de Malaisie, du Pays de Galles, et des Etats Unis, ont pu effectuer une des premières analyses de génome complet d’une espèce en danger.
Elephants de Bornéo

Deux théories s’affrontent concernant son origine : soit, la population serait « autochtone » et représenterait donc une sous-espèce locale, soit ils auraient été introduits, il y a de cela seulement quelques centaines d’années, à partir d’éléphants originaires de Java. Trancher une telle question pourrait relever d’une comparaison de leur génome avec la population d’origine de Java…si celle-ci existait encore. Contrainte supplémentaire, les éléphants de Bornéo dont une étude précédente avait déjà montré la faible diversité génétique, ne comptent plus que 2000 individus… Aussi, faire la lumière sur ses origines, en ne disposant que de si peu de données potentielles requiert une extrême précision. Les chercheurs espèrent à terme estimer le degré de proximité avec les autres sous-espèces d’éléphants d’Asie et, de manière plus générale, leur richesse génétique. Ce dernier point est particulièrement important pour déterminer la durée pendant laquelle une espèce s’est trouvée prise dans un « goulot d’étranglement » : une situation dans laquelle elle stagne avec une population diminuée, s’appauvrissant en conséquence en termes de diversité génétique. C’est donc pour les équipes de recherche impliquées, faire d’une pierre deux coups : résoudre le mystère de l’éléphant de Bornéo tout en contribuant à sa conservation.

Panneau L.Chikhi

Le travail publié présente une étape nécessaire de développement de techniques qui, au-delà de l’éléphant de Bornéo, montre que, même pour les espèces menacées ayant perdu la majeure partie de leur diversité, il est possible de retrouver une trace dans le génome de cette « diversité cachée ».  C’est donc sur la précision des méthodes que s’est jouée l’avancée scientifique.  « Nous aurions très bien pu déboucher sur la conclusion qu’aucune des deux techniques de recherche de marqueurs génétiques n’étaient suffisamment adaptée à des espèces ayant déjà perdu la majeure partie de leur diversité. Le travail de Reeta Sharma, premier auteur de notre article est donc de bon augure » explique L. Chikhi, chercheur au laboratoire EDB.

Les techniques, employées pour la première fois de manière conjointe sur une population en danger ont permis d’identifier des marqueurs génétiques caractéristiques de l’éléphant de Bornéo. Applicables à d’autres espèces en danger, elles pourraient permettre de dresser leur carte génétique ou de reconstruire leur histoire sur plusieurs millénaires... Concernant l’éléphant de Bornéo : « les résultats sont encore préliminaires, mais la faible diversité génétique de l’espèce suggère qu’elle a été introduite à Bornéo, il y a de cela quelques centaines d’années, et cela me semble en accord avec l’absence de fossiles d’éléphants à Bornéo » assure L.Chikhi.