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L’aspect novateur de cette étude est la constitution d’un jeu de données de 1 719 gènes surpassant en taille et en qualité les jeux de données précédents utilisés pour traiter les relations de parenté phylogénétique entre métazoaires. Les auteurs se sont en effet attachés à utiliser beaucoup plus de contrôles qualité à toutes les étapes, et ont proposé plusieurs innovations méthodologiques afin d’éviter toute une gamme d'erreurs de données résultant de contaminations dans le séquençages à haut débit, ou les potentielles erreurs de séquençage elles-mêmes, ainsi que les duplications de gènes.

L’origine du système nerveux et des muscles

Plusieurs études soutenaient une typologie dans laquelle les cténophores sont le groupe frère de tous les autres animaux (y compris les éponges du groupe Porifera). En revanche, d’autres études phylogénomiques soutenaient le scénario alternatif dans lequel les éponges (Porifera) sont le groupe frère de tous les autres animaux (incluant les cténophores), une hypothèse cohérente avec une seule origine de l'intestin, des cellules nerveuses et des cellules musculaires.

Les résultats de Simion et al. suggèrent que les éponges (Porifera) et non les Cténophores sont la première lignée à se séparer des autres animaux, supportant par la même la vision classique des morphologistes. En effet, la phylogénie établie grâce par Simion et al. suggère que les muscles et le système nerveux sont apparus plus tard que ce que soutient la phylogénie mettant les Cténophores à la base des animaux.

Ces résultats, beaucoup plus cohérents avec les modèles d’apparition des animaux à partir des unicellulaires, rappellent que les problèmes méthodologiques doivent être soigneusement affrontés et résolus pour pouvoir aborder des questions phylogénétiques difficiles car très anciennes.