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MISSION(S)

L’Ingénieur aura pour missions de développer et conduire les approches de séquençage haut-débit au sein de la plateforme, en interaction avec les autres personnels du plateau génomique.

ACTIVITE(S)

- Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, l’interprétation des résultats bruts, et en assurer le suivi
- Choisir et adapter les protocoles de préparation des banques (ADN & ARN) et de séquençage haut-débit (NextSeq & MiSeq Illumina) aux besoins des utilisateurs
- Mettre en oeuvre les protocoles de préparation des banques en manuel et/ou sur robot et réaliser les contrôles qualité
- Rédiger des rapports d’expérience et formaliser le suivi des échantillons de la réception à la livraison des données
- Participer à la gestion des moyens techniques et financiers
- Accueillir et former les utilisateurs aux approches de séquençage haut-débit et aux techniques de biologie moléculaire associées (PCR, qPCR, …)
- Participer à la veille scientifique et technologique sur les approches de séquençage haut débit et les méthodes de préparation des banques, en lien avec les référents scientifiques
- Assurer l’application des règles d’hygiène et sécurité, et participer à la mise en place d’une démarche qualité

COMPETENCES

Connaissances :
Maitrise des principes de biologie moléculaire (manipulations ADN, ARN, contrôle qualité, PCR, électrophorèse) ; Connaissance approfondie des différentes stratégies et des outils de séquençage haut-débit, notamment Illumina ; Connaissances générales sur l’organisation et le fonctionnement des génomes (génomes, épigénomes, transcriptomes, épitranscriptomes, métagénomes, …) et les analyses de communautés par séquençage d’amplicons ; Anglais niveau B2
Savoirs-faire :
Mise en oeuvre de techniques de quantification et de contrôle qualité des échantillons ; Préparation de banques ADN (génomique, barcoding) et/ou ARN (RNAseq) pour NGS ; Utilisation de séquenceurs de type Illumina (NextSeq et MiSeq, idéalement), Maitrise des outils de bureautique ; Travail en équipe.
La maitrise d’un robot de pipetage (idéalement Perkin Elmer) et / ou de la technologie Nanopore seront un plus.
Savoir être :
Rigueur ; Capacités d’organisation ; Autonomie ; Capacité de raisonnement analytique ; Capacités relationnelles pour les interactions avec les collègues du plateau et les utilisateurs.