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Louis Bernatchez est professeur à l'Université Laval au Québec depuis 1995. Depuis 2006, il dirige la Chaire de recherche canadienne en génomique et conservation des ressources aquatiques dont l’objectif central est d'acquérir des connaissances fondamentales sur les processus évolutifs responsables de la génération et du maintien de la diversité génétique et de mettre ces connaissances au profit de la gestion et la conservation de la biodiversité.  

Le caractère le plus distinctif de son programme de recherche réside dans l'approche intégrée qui combine les domaines de la génomique des populations, de la génétique quantitative et fonctionnelle, de la bioinformatique, de l'écologie et de la physiologie. Une autre originalité de ses travaux réside dans le couplage rétroactif fort entre questionnements fondamentaux et appliqués, ce qui l’a amené à faire des contributions importantes dans 5 principaux domaines de recherche :

1. Divergence adaptative et origine des espèces
2. Adaptation aux activités humaines et applications évolutives
3. Génomique des populations et gestion des ressources aquatiques.
4. Génomique fonctionnelle et adaptation locale
5. Phylogéographie comparative, histoire évolutive et unités de conservation

Louis Bernatchez a dirigé avec succès de nombreux projets collaboratifs tant au niveau national qu’international, ce qui l’a conduit à former de nombreux étudiants et postdoctorants occupant aujourd’hui des postes de chercheurs à travers le monde. Il a reçu plusieurs reconnaissances prestigieuses incluant : le Prix du Québec Marie-Victorin, membre élu de la Société Royale du Canada, de l’American Association for the Advancement of Science et du Hall of Excellence, American Fisheries Society. Il a été récipiendaire du Molecular Ecology Prize, de la Bourse commémorative E.W.R. Steacie du CRSNG et du Prix Michel-Jurdant de l’Association Canadienne Française pour l’Avancement des Sciences. Enfin, il a co-fondé le journal Evolutionary Applications dont il est éditeur en chef depuis 2008.